A historia do Opus Dei iniciouse en 1928, cando san Xosemaría recibiu en Madrid a luz de Deus sobre toda a Obra. Desde entón, aquel novo sacerdote comezou a difundir a chamada universal á santidade entre todo tipo de persoas. Para sacar adiante a fundación, san Xosemaría apoiouse na oración e o sufrimento de moitas persoas pobres e enfermas, ás que visitaba e atendía nos barrios marxinais e en hospitais de Madrid. No ano 1930 comezou o labor apostólica con mulleres e en 1943 recibiu unha nova luz de Deus que lle impulsaba a traballar con sacerdotes diocesanos.
Para facilitar a formación dos estudantes universitarios, en 1934 san Xosemaría puxo en marcha a Academia DYA en Madrid, onde se reforzaban os estudos de Dereito e Arquitectura e impartíanse diversos medios de formación cristiá. Este foi o primeiro centro do Opus Dei.
Durante a guerra civil española (1936-39), os primeiros fieis da Obra, que eran escasos, dispersáronse. Moitos foron mobilizados e algúns faleceron na contenda. Uns poucos lograron cruzar a Francia polo pirineo catalán xunto co Fundador, até alcanzar unha zona na que non se perseguía á Igrexa.
En 1939 e 1940 inauguráronse dúas residencias universitarias en Madrid, nas rúas Jenner e Diego de León. Neses anos e nos posteriores, san Xosemaría viaxou moito por España, para predicar cursos de retiro a sacerdotes a petición de diferentes bispos españois.
Entón ocorreron acontecementos importantes para o desenvolvemento do labor apostólica, como a primeira aprobación do Opus Dei por parte do bispo de Madrid (1941) ou a primeira ordenación sacerdotal de fieis da Obra (1944).
Ao mesmo tempo, a mensaxe da Obra seguíase difundindo, co impulso do Fundador e o apoio dos primeiros: Álvaro do Portillo, Juan Jiménez Vargas, Pedro Casciaro, Ricardo Fernández Vallespín, José María Hernández Garnica... que iniciaron o labor apostólica en Valencia en 1939, en Valladolid e Barcelona en 1940, e dous anos máis tarde en Zaragoza.
O primeiro centro para mulleres abriuse na madrileña rúa de Jorge Manrique en 1942. Dores Fisac, Encarnación Ortega e Nisa González, entre outras, axudaron ao Fundador nestes primeiros anos, nos que a labor da Obra se foi ampliando ás principais poboacións españolas.
En 1946, san Xosemaría Escrivá trasladou a sede central do Opus Dei de Madrid a Roma. Continuaron xurdindo iniciativas que axudaron a difundir a mensaxe da chamada universal á santidade. Nese mesmo ano, inaugurouse o Colexio Maior Zurbarán, a primeira residencia universitaria feminina, á que seguiron outras similares en diferentes cidades de especial raizame universitario: Sevilla, Selecta, Santiago de Compostela, Valencia, Bilbao, Zaragoza, etcétera.
En 1952 inaugurouse o Estudo Xeral de Navarra, logo Universidade de Navarra. Xunto coa Clínica Universitaria, é un instrumento ao servizo do progreso do mundo académico e científico. A investigación que alí se realiza é coherente cos principios cristiáns.
Un ano antes, en 1951, Gaztelueta, primeiro colexio obra corporativa do Opus Dei, iniciou as súas actividades. Outros centros de ensino xurdiron máis tarde en diferentes cidades. A Obra faise cargo da formación cristiá que se imparte nestes centros educativos, impulsados e sostidos polos pais dos alumnos.
O desexo do Fundador e os fieis do Opus Dei de pór baixo a protección da Virxe a renovación da vida cristiá en moitas almas, materializouse en 1970 co inicio das obras dun santuario mariano xunto á ermida de Torreciudad (Huesca). Era intención de san Xosemaría que este templo dedicado á Virxe contribuíse a achegar aos visitantes á Nai de Deus.
No ano 1972 san Xosemaría decidiu realizar unha viaxe de catequese por España. Reuniuse con miles de persoas en encontros que tiveron lugar en Madrid, Pamplona, Bilbao, Sevilla, Cádiz, Xerez, Barcelona, Xirona e Valencia. O Fundador puido falar de Deus e do Opus Dei a miles de persoas que acudiron a escoitar as súas palabras de fe e de esperanza cristiás.
No ano 2002, con motivo da canonización e o centenario do nacemento de Xosemaría Escrivá, celebráronse misas en catedrais e igrexas das principais poboacións, ás que acudiron moitas persoas para manifestar a Deus o seu agradecemento pola influencia positiva que a mensaxe do Opus Dei supuxo para a súa vida de cristiáns.