É doutor en Dereito Civil e en Dereito Canónico. Foi ordenado crego o 7 de agosto de 1955. Colaborou estreitamente con san Xosemaría Escrivá de Balaguer, de quen foi secretario dende 1953 ata a súa morte, en 1975. Membro do Consello Xeral do Opus Dei dende 1966.

En 1975, cando mons. Álvaro del Portillo sucedeu a san Xosemaría ao frente do Opus Dei, mons. Javier Echevarría foi nomeado secretario xeral. En 1982, coa erección do Opus Dei en prelatura persoal, pasou a ser vicario xeral da Prelatura.

É membro da Congregación para as Causas dos Santos, do Supremo Tribunal da Signatura Apostólica, e da Congregación para o Clero. Participou na Asemblea Xeral do Sínodo dos Bispos sobre América (1997) e sobre Europa (1999), así como na Asemblea Xeral ordinaria de 2001 e de 2005.

Tras a súa elección e nomeamento por Xoán Paulo II como prelado do Opus Dei o 20 de abril de 1994, recibiu de mans do Papa a ordeación episcopal o 6 de xaneiro de 1995 na basílica de San Pedro.

É autor de libros de espiritualidade como "Memoria del beato Josemaría", "Itinerarios de vida cristiana", "Para servir a la Igresia", "Getsemaní" e "Eucaristía y vida cristiana".